针对无电子档案管理信息系统，但已应用业务系统、会计核算系统，实行线上报销入账的单位，电子发票需与电子记账凭证、原始凭证、会计账簿、财务会计报告等资料同步线下归档，纸质发票单独整理装订并标注关联信息，具体分为十大步骤：
1.搭建标准化文件夹结构
严格按照单位档案分类方案及附录E图示标准，搭建层级清晰的电子档案存储文件夹，实现分类规整存储。
2.下载规范电子文件
从会计核算系统批量下载电子会计凭证、会计账簿、财务会计报告等资料，优先存储国家标准版式电子文件，同步留存XML格式备份文件。文件统一命名规则为：年度-会计资料类型代码-月份-8位顺序号，其中凭证代码为PZ、账簿代码为ZB、报告代码为BG、其他资料代码为QT，所有文件分类存入对应文件夹。
3.开展档案“四性”检测
对所有下载的电子会计资料开展真实性、完整性、可用性、安全性专项检测，检测标准与流程参照附录F执行，不合格资料需整改后重新归档。
4.规范电子资料组件
同一凭证号的所有电子会计凭证归集至同一文件夹，内部按“记账凭证-报销单-发票-其他附件”顺序排列，一个文件夹即为一件档案；电子会计账簿按科目、会计周期组件，单个会计周期归集为一件；电子财务会计报告按会计周期组件，一个会计周期归集为一件。
5.统一资料排列编号
依据档案分类方案、电子资料编号顺序，以件为单位通过文件夹命名完成依次排列，按《会计档案管理办法》划定统一保管期限，编制规范档号。
6.编制电子档案目录
参照附录B标准，完整编制电子会计档案目录，清晰记录各类档案的编号、名称、数量、所属期间、保管期限等关键信息。
7.编制归档说明文件
按照要求编制说明文件，明确标注电子档案会计期间、文件形式、档案总数量、移交人，同时备注非通用格式、特殊调整等补充情况。
8.标准化存储归档资料
严格参照附录E存储结构，将电子会计资料、档案目录、归档说明文件统一规整存储，保证文件层级清晰、可快速检索。
9.输出资料并移交
将电子会计资料登记表、档案目录输出纸质版本，在规定时限内，将电子档案资料、说明文件、电子目录及纸质目录统一移交档案管理人员。
10.接收检测与备份
档案人员对移交资料开展“四性”检测，合格后填写电子发票归档登记表（附录D）完成接收；最后对归档电子资料制作至少1份备份载体，落实异地或本地多重备份。
针对暂时无法落实上述线上线下归档流程的单位，可先将电子发票及配套会计凭证打印为纸质资料归档，同时必须严格按照线下报销入账归档标准，同步完成电子发票的线下归档留存，保障纸电档案双留存、双合规。